1963年11月，聊城專區為加強干部保健工作，批準籌建聊城專區干部療養院，隸屬于專區衛生局領導。位于聊城新區花園南路北首。

　　1964年7月，醫院正式開診，人員編制32人、病房兩個、床位五十張。主要擔負全區老干部的治病、療養任務。

　　1966年4月，床位達70張，職工人數增至45人。

　　1968年，醫院在衛育路北首(現院址)征地35畝，建平房4000平方米。同年，醫院遷入新址(原院址移交醫療器械廠)，建立了兩個內科病房。

　　1973年11月，醫院更名為“聊城地區新醫醫院”。

　　1976年3月，醫院組建了神經內科。

　　1978年，聊城地委批準醫院列為縣級事業單位，干部療養病床由30張擴大到60張，醫院開放床位增至100張，職工人數增至92人。

　　1982年，醫院恢復原名為“聊城地區干部療養院”，床位增至120張，職工人數增至138人。

　　1985年10月，醫院院名改為“聊城地區東昌醫院”。

　　1995年底，病房增加到6個，床位增至210張。職工人數增至216人，特色�？�(心腦血管病)優勢日趨明顯。

　　1998年10月19日，醫院正式更名為“聊城市第三人民醫院”。

　　1978年至1998年，近二十年間，醫院先后建起3582平方米的門診樓、3879平方米的病房樓、1083平方米的服務樓和2968.9平方米的宿舍樓，組建了心內科、婦產科、外科及手術室、分娩室，購置了萬元以上醫療設備40多臺件，院容有了很大改觀，住院條件明顯改善，并且先后成立了“聊城地區心腦血管病防治研究所”“聊城地區股骨頭壞死防治研究所”“聊城地區頸肩腰腿痛防治研究所”。

　　2020年1月8日，醫院以優異成績通過了三級醫院現場評審，5月19日，山東省衛健委正式確定醫院為三級乙等綜合醫院，標志著醫院發展邁上新臺階!是年，醫院順利通過中國心衰中心認證，成為聊城市首家標準版心衰中心認證單位。

　　2023年，醫院擁有干部職工1200余人，其中高級專業技術人員244人，博士、碩士179人。開放床位850張。