2012年，市、縣、鄉（僅限政府辦鄉鎮衛生院、社區衛生服務中心）三級定點醫療機構住院補償起付線分別設定為500元、400元和100元，住院補償起付線在補償范圍內費用扣減；新農合住院補償封頂線全市統一設置為10萬元，住院補償封頂線以年內實際獲得補償金額累計計算；對慢性病及其他特殊病種的補償，不設起付線，封頂線為每人每年10000元；門診統籌一般在鄉鎮和村級定點醫療機構補償，不設起付線，補償額原則上衛生院每人每天15元封頂、村衛生室每人每天10元封頂，年封頂線為每人每年100元。
　　（一）科學設置補償比例。
　　1、住院補償：參合農民必須到縣及縣以上衛生行政部門確定的新型農村合作醫療定點機構就診，才能享受補償，在非定點醫療機構就診發生的費用一律不予補償。參合農民在定點醫療機構發生的住院醫藥費（因意外傷害住院的除外）扣除非統籌費用和起付線后按以下比例補償：實施基本藥物制度的鄉級定點醫療機構基本藥物住院報銷比例為90%,其他醫藥費用和未實施基本藥物制度的鄉級定點醫療機構住院報銷比例為80%；縣級定點醫療機構按70%的比例予以補償；市級定點醫療機構統籌費用在80000元(含80000元)以內的按53%的比例予以補償，80000元以上的部分按70%的比例予以補償；市外定點醫療機構，起付線一律按500元執行，省內醫療機構按45%的比例予以補償，省外定點醫療機構按40%的比例予以補償；國家和省基本藥物目錄內藥品、中藥飲片和省衛生廳推廣的中醫適宜技術費用的補償比例上浮10個百分點。
　　上一個繳費期至下一個繳費期之間出生的符合國家計劃生育政策的新生兒，其母親參加新農合的，本年度發生的醫藥費用可以其母親的身份享受新農合政策。
　　對意外傷害（包括外傷、中毒等非正常疾病）住院的參合農民，要加強對外傷和中毒病人的調查、核實、記錄，要以高度責任心對待外傷和中毒原因調查，有第三方責任人的一律不予補償；無第三方責任的意外傷害患者，其住院醫藥費用中可補償費用的起付線以上部分，按40%的比例給予補償，封頂5萬元；因見義勇為或執行救災救援等公益任務而負傷住院，須提供縣級或縣以上政府相關部門出具的情節證據，可按正常疾病住院補償政策執行；凡納入新農合補償的外傷和中毒病人，要將其出院結算單原件留存備查。
　　（二）參合農民醫療費用如何報銷？
　　參合農民住院后先墊付住院醫藥費用，然后持發票、費用清單、病歷復印件（指外傷病人）、合作醫療證、等材料到新農合經辦機構辦理報銷手續，非外傷人員免除病歷復印件、費用清單，可直接在就醫機構報銷。